服务介绍
凝胶迁移或电泳迁移率检测（Electrophoretic Mobility Shift Assay，EMSA）是一种检测蛋白质和DNA序列相互结合的技术，可用于定性和定量分析。目前已用于研究DNA结合蛋白和特定的DNA序列的相互作用，是转录因子研究的经典方法。
验证型EMSA
⽤于验证探针是否含有可与蛋⽩质结合的位点。将结合位点突变，以突变探针为对照，野⽣型探针出现迁移条带，⽽突变探针未出现迁移条带，则说明该探针含有可与蛋⽩质结合的位点。
竞争型EMSA
探针序列不变，不含修饰基团的探针称为冷探针。冷探针与标记探针竞争性地与蛋⽩结合，冷探针不显影出迁移条带。以冷探针为对照，标记探针出现迁移条带，⽽冷探针迁移条带减弱或消失，则排除了假阳性⼲扰，增加实验结果准确性。
超迁移EMSA
使⽤⽬标蛋⽩的特异性抗体，蛋⽩-探针复合物被抗体识别并结合，该三聚复合物在凝胶电泳中，迁移速率再次增⼤，出现在蛋⽩-探针复合物的上⽅的超迁移条带，验证了探针与⽬的蛋⽩的特异性结合。
服务优势
- 直接测定蛋白质与核酸的相互作用，提供定性和定量信息。
- 可用于研究多种类型的相互作用，如特异性结合、非特异性结合、序列特异性等。
- 技术简单，实验操作相对容易。
- 可以使用不同的标记方法和检测技术进行适应不同实验需求。
服务流程
客户提供
需提取核蛋白的细胞＞10^7，动物组织不少于400 mg，植物组织不少于2 g，建议客户在金开瑞表达重组蛋白；
探针序列；
如使用结合蛋白特异性抗体，抗体50 μL以上，浓度大于0.5 mg/mL。
服务说明
特别说明：
▶ EMSA亦可⽤于研究RNA结合蛋⽩和其相关RNA序列的相互作⽤
▶ 如需要做超迁移，需提供IP级别的抗体
▶ EMSA与酵⺟单杂交，可共同验证同⼀个问题
| 服务名称 | 服务内容 | 交付内容及标准 | 服务周期(工作日) |
| DNA探针标记 | 探针标记及合成 (≤59bp) | 探针退火最少1次 (1组探针退火1次) | 7-10 |
| 探针标记及合成 (60bp-300bp) | 蛋白孵育最少1次 | 12-16 | |
| RNA探针标记 | 探针标记及合成 (＜60bp) | 探针标记 | 7-10 |
| EMSA | EMSA | 10个泳道（包含阴性和阳性对照） | 10 |
案例展示
常见问题与解析 (Q&A)
凝胶迁移或电泳迁移率检测（Electrophoretic Mobility Shift Assay，EMSA）是一种检测蛋白质和DNA序列相互结合的技术，可用于定性和定量分析；目前已用于研究RNA结合蛋白和特定的RNA序列的相互作用，是转录因子研究的经典方法。 金开瑞提供EMSA检测技术服务，帮助您检测DNA结合蛋白、RNA结合蛋白、特定的蛋白质，并可进行未知蛋白的鉴定。
当客户用组织或细胞核蛋白进行实验时，无法确定与探针结合的具体蛋白，需要再提供要研究的抗体，再进行supershift实验。如果抗体能识别与探针结合的蛋白，则会出现一条超迁移条带，即可证明探针与蛋白的结合。需客户提供IP级别的抗体。
使用天然组织细胞样本进行实验，通过抽提核蛋白获取目的蛋白，此为混合蛋白，如要确定某个蛋白结合于探针时，需要加入抗体观察是否形成超迁移条带。可以通过重组蛋白表达系统（如金开瑞的大肠、酵母、哺乳、无细胞等）获得特定的重组蛋白，后续实验中如出现迁移条带，则应源于该蛋白的结合作用。
除了探针序列具有理论预测性、本身属于探索性实验的情况之外，组织细胞中该转录因子丰度较低、只在特定条件阶段表达，特定蛋白同DNA结合需要一定的离子或辅助因子条件（如Mg2+、Zn2+、ATP），重组表达蛋白在DNA结合活性方面同天然蛋白存在差异，结合力较弱，需要其他蛋白间接作用于DNA等情况下，都难以获得迁移条带。此外，当研究的蛋白本身pI较大（如大于8.0），蛋白在native电泳中将难以随同DNA一起向阳极泳动，或在电泳最初阶段同DNA解离开。
相关技术服务
| ▶ 修饰/标记引物 | ▶ 双荧光素酶报告系统 | ▶ 酵母单杂交 |
| ▶ CO-IP | ▶ RNA pull-down | ▶ RIP-qPCR |
| ▶ DNA pull-down | ▶ ChIP-qPCR | ▶ 酵母单杂交 |
| ▶ CUT&Tag | ||
相关资源
1、EMSA的实验步骤
▶ 准备蛋白质和核酸：获得目标蛋白质和相应的DNA或RNA探针。蛋白质可以是纯化的重组蛋白质或细胞提取物。
▶ 准备核酸标记：对DNA或RNA探针进行标记，常见的标记方式包括放射性标记（例如32P或35S）或非放射性标记（例如荧光标记或生物素标记）。
▶ 反应混合：将标记的核酸探针与蛋白质样品混合，添加反应缓冲液，包括缓冲盐、非特异性竞争物和非特异性DNA或RNA。
▶ 反应进行：将反应混合物在适当的温度和时间下孵育，以促使蛋白质与核酸结合形成复合物。
▶ 电泳：将反应混合物加载到聚丙烯酰胺凝胶电泳槽中，进行电泳分离。在非变性条件下进行电泳可以保持蛋白质与核酸的结合。
▶ 凝胶固定和成像：电泳结束后，凝胶固定并进行成像，例如通过放射线照射敏感的凝胶后，通过放射自显影或荧光成像检测标记的核酸探针。
▶ 结果分析：分析凝胶图像，观察是否有蛋白质-核酸复合物的形成。蛋白质-核酸结合会导致迁移速度的减慢或带移动位置的改变。
2、EMSA的应用
EMSA（Electrophoretic Mobility Shift Assay）是一种常用的实验技术，用于研究蛋白质与核酸（DNA或RNA）之间的相互作用。它在许多研究领域中得到广泛应用，包括但不限于以下几个方面：
● 转录因子研究：EMSA可用于研究转录因子与DNA的结合。通过分析转录因子与特定基因启动子或调控元件的结合能力，可以揭示基因调控网络和转录调控机制。
● RNA结合蛋白研究：EMSA可用于研究RNA结合蛋白（RNA-binding proteins，RBPs）与RNA的相互作用。通过探究RBPs与目标RNA序列的结合，可以了解RBPs在转录后调控、RNA稳定性和翻译调控等过程中的功能。
● DNA修复和损伤识别：EMSA可用于研究DNA修复酶和损伤识别蛋白与DNA损伤位点的结合。通过分析这些相互作用，可以深入了解DNA修复机制和DNA损伤应答通路。
● 药物筛选和药物靶点研究：EMSA可用于筛选和评估潜在药物分子与特定DNA或RNA序列的结合能力。通过检测药物与靶点的相互作用，可以评估药物的亲和力和选择性，为药物开发和靶向治疗提供重要信息。
● 基因调控网络研究：EMSA可用于研究基因调控网络中的转录因子与调控元件之间的相互作用。通过分析转录因子与特定启动子或增强子序列的结合，可以揭示基因调控网络的结构和功能，以及转录因子在调控基因表达中的作用。
● 疾病相关基因的功能研究：EMSA可用于研究与疾病相关的基因的功能调控。通过分析疾病相关基因的启动子、增强子或调控元件与转录因子的结合，可以了解这些基因的调控机制和与疾病相关的功能变化。
3、蛋白质与核酸之间的相互作用有哪些，常用哪些技术去检测？
▶ 蛋白质与核酸之间的相互作用包括转录因子与DNA的结合、RNA结合蛋白与RNA的结合以及其他蛋白质与DNA或RNA的相互作用等。常用的技术用于检测这些相互作用的方法包括：
▶ 电泳迁移实验（Electrophoretic Mobility Shift Assay, EMSA）：通过电泳迁移分析蛋白质与DNA或RNA结合的迁移差异。该方法基于蛋白质与核酸结合后形成复合物的迁移速度不同，可定性分析相互作用的存在与否。
▶ 共沉淀实验（Co-precipitation Assay）：利用特定的亲和剂或抗体富集与目标蛋白质相互作用的DNA或RNA分子。该方法可用于定性和定量分析相互作用的强度和特异性。
▶ 免疫共沉淀实验（Immunoprecipitation, IP）：利用特定抗体选择性地富集目标蛋白质及其结合的核酸。该方法通过蛋白质-抗体互作用实现蛋白质与核酸的联结，可用于鉴定和定量分析相互作用的蛋白质和核酸分子。
▶ 酵母双杂交（Yeast Two-Hybrid, Y2H）：通过利用酵母细胞内的转录激活和检测系统，研究蛋白质与蛋白质之间的相互作用。该方法可用于筛选和鉴定蛋白质-蛋白质相互作用的交互配对。
▶ 表面等离子共振（Surface Plasmon Resonance, SPR）：通过监测蛋白质与核酸相互作用引起的光信号变化，实时测量它们的结合动力学和亲和力。该技术可提供定量的结合强度、关联和解离速率等信息。
▶ RNA pull down：利用特定的RNA分子富集与目标RNA结合的蛋白质。该方法可用于鉴定与RNA相互作用的蛋白质，从而揭示RNA的功能和调控机制。
▶ DNA pull down：利用特定的DNA序列富集与目标DNA结合的蛋白质。该方法可用于研究与DNA结合的蛋白质，如转录因子和其他DNA结合蛋白质。
