iTRAQ/TMT定量蛋白组
- iTRAQ
- TMT
- 相对定量蛋白质组
- 同位素标记技术
服务特色
iTRAQ和TMT技术是定量蛋白质组学研究中的重要工具，能够同时分析多个样本的蛋白质表达水平，从而帮助研究者发现差异蛋白和生物标志物，深入了解细胞信号通路。
服务介绍
iTRAQ（isobaric tags for relative and absolute quantitation）技术是由AB SCIEX公司研发的一种体外同重同位素标记的相对与绝对定量技术，利用多种同位素试剂标记蛋白多肽N末端和赖氨酸侧链基团，经高精度质谱仪串联分析，可同时比较多达8种样品之间的蛋白表达量，是近年来定量蛋白质组学中应用广泛的高通量筛选技术。
TMT（Tandem Mass Tags）也是一种同位素标记技术，与iTRAQ类似，TMT标签的样本在质谱中产生相同质量的离子片段，但由于不同标签的化学特性不同，它们在质谱中产生不同的离子信号。通过测量离子片段的信号强度比例，可以实现多样本蛋白质的相对定量。
iTRAQ和TMT技术在定量蛋白质组学研究中被广泛应用，可以用于比较不同样本之间的蛋白质表达水平，寻找生物标志物，研究细胞信号通路等，为生物学和医学研究提供了强大的工具。
服务优势
- 自动化程度高：液质连用，自动化操作，分析速度快，分离效果好；
- 灵敏度高：分级分离，降低样品复杂度，检测出较低丰度蛋白；
- 高通量：可同时对8个样本（iTRAQ)或10样本(TMT)进行分析，特别适用于采用多种处理方式或来自多个处理时间的样本的差异蛋白分析；
- 结果可靠准确：定性与定量同步进行，同时得出鉴定和定量结果，重复样品间的蛋白表达量相关性高。
服务流程
客户提供
需比较的样品；
样品信息单：需详细填写样品来源、含量、状态及其他基本信息
最终交付
- 实验报告一份，含具体实验流程及蛋白质组鉴定及定量结果（生物信息学分析）。
- 生物信息学分析内容包括：1. iTRAQ鉴定：包括鉴定结果统计、重复性分析、Unique肽段数分布、肽段长度分布、蛋白覆盖度分布；2. iTRAQ定量：包括定量信息统计、蛋白质丰度比（FC）分布、表达量层次聚类分析；3. 蛋白质功能注释：包括GO注释、COG注释和Pathway代谢通路注释；4. 差异蛋白的富集分析：包括差异蛋白的GO富集分析、差异蛋白的Pathway富集分析。
服务说明
| 产品类型 | 项目周期 | 技术指标 | 样本数量 |
| TMT定量蛋白质组 | 30个自然日 | 10个馏分，每个馏分1.5h质谱；或者1.5馏分，1h质谱 | 不少于6个样 |
案例展示
常见问题与解析 (Q&A)
多个（每组最多8个）来源不同的蛋白样品经过不同标签标记后，可以合并后同时进行质谱分析。在每个肽段二级质谱图上，相应每个样品的报告离子强度用以表征该蛋白在不同样品中相对含量的高低，而肽段碎片离子可用于蛋白的鉴定分析。是鉴定与定量同时进行的一种定量技术。
相关资源
1、iTRAQ和TMT技术的数据分析主要涉及质谱数据的解析、比较和定量，通常需要使用特定的蛋白质组学数据分析软件或工具。
常见的数据分析软件包括MaxQuant、Proteome Discoverer、Skyline，详情如下表所述：
|
软件包名称 |
简介 |
主要功能 |
优点 |
网址 |
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MaxQuant |
MaxQuant是广泛使用的蛋白质组学数据分析软件，适用于iTRAQ和TMT技术的定量分析 |
鉴定蛋白质和肽段，定量比较 |
高度自动化的数据处理流程 |
www.coxdocs.org/doku.php?id=maxquant:start |
|
Proteome Discoverer |
Proteome Discoverer由Thermo Fisher Scientific开发，用于蛋白质鉴定、差异分析、富集分析等 |
蛋白质鉴定、差异分析、富集分析等 |
与Thermo Fisher质谱仪器集成，功能全面 |
www.thermofisher.com/proteinediscoverer |
|
Skyline |
Skyline是目标蛋白质定量的质谱数据分析软件，广泛应用于iTRAQ和TMT技术的定量实验 |
目标蛋白质定量、MRM、数据依赖性采集等 |
精确目标定量分析，灵活的数据处理工具 |
skyline.ms/ |
2、同位素标记技术（如iTRAQ和TMT）在蛋白质组学研究中有广泛的应用
● 多样本定量比较：iTRAQ和TMT技术允许同时比较多个样本中蛋白质的表达水平，例如对不同生理状态、疾病状态、治疗效果等进行定量比较，从而识别差异表达的蛋白质。
● 生物标志物鉴定：这些技术可应用于寻找与疾病发展相关的生物标志物，帮助诊断和治疗疾病。通过比较病态和正常组织中蛋白质的表达差异，可以发现潜在的生物标志物。
● 细胞信号通路研究：iTRAQ和TMT技术可以用于研究蛋白质相互作用和调控网络，从而深入了解细胞信号通路的调控机制。
● 药物研发：这些技术在药物研发中发挥重要作用，可以评估药物对蛋白质表达的影响，了解药物的作用机制和潜在副作用。
● 个性化医学研究：iTRAQ和TMT技术可用于个性化医学研究，帮助识别与个体病理状态相关的蛋白质标志物，为精准医疗提供支持。
● 蛋白质修饰研究：这些技术可以用于研究蛋白质的翻译后修饰，如磷酸化、甲基化、泛素化等，揭示蛋白质功能和调控的复杂性。
● 蛋白质亚定位研究：利用iTRAQ和TMT技术，可以研究细胞亚结构中蛋白质的表达差异，进一步了解蛋白质在细胞内的定位和功能。
3、iTRAQ/TMT定量蛋白组实验流程
● 样品制备：收集不同样本的细胞或组织，进行蛋白质提取，并根据实验设计进行处理和标记。iTRAQ和TMT标记剂通常通过对蛋白质样品中的氨基基团进行化学修饰来引入同位素标记。
● 蛋白质消化：将标记后的蛋白质样品进行消化，通常使用胰蛋白酶等蛋白酶对蛋白质进行降解，生成肽段。
● 分离肽段：将消化后的肽段通过高性能液相色谱（HPLC）或其他分离技术进行分离，以提高鉴定和定量的准确性。
● 质谱分析：使用质谱仪对分离后的肽段进行鉴定和定量。iTRAQ和TMT标记会在质谱中产生特定的离子信号，根据这些信号可以确定肽段的序列和相对丰度。
● 数据分析：使用专门的蛋白质组学数据分析软件（如MaxQuant、Proteome Discoverer、Skyline等）对质谱数据进行解析、比较和定量。这些软件可以帮助鉴定蛋白质、计算相对丰度，并进行统计学分析。
● 生物学解释：对数据进行生物学解释，通过差异分析和富集分析等方法，找出在不同样本中表达差异显著的蛋白质，寻找生物标志物，研究细胞信号通路等。
