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最后一期!最后一期!最后一期!
文章来源:genecreate 作者:genecreate 发布时间:2020-12-07 14:39
RIP
 
白驹过隙,转眼第二季八期直播只剩下最后一期
每周二晚八点,一期一项分子互作技术
观看过直播的你一定学到了不少实验小技巧吧
错过往期直播的同学们可以扫描上方海报上的二维码不限次观看回放
2020年12月8日(周二)20:00
最后一期直播
希望(还)能在直播间见到大家丫
 RIP

扫码免费观看,微信扫码预约直播,开播前五分钟会收到开播提醒。

RIP技术简介

RIP 技术(RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay,RNA 结合蛋白免疫沉淀)主要是运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA 进行q-PCR验证或者测序分析。RIP 是研究细胞内RNA 与蛋白结合情况的技术,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,可以帮助我们发现miRNA 的调节靶点。根据需求,金开瑞可以提供RNA/蛋白、RNA/RNA互作验证RIP技术服务。
 
RIP
(图片来源于A long noncoding RNA activated by TGF-beta promotes the invasion-metastasis cascade in hepatocellular carcinoma)


RIP应用

a)用抗体或表位标记物捕获细胞核内或细胞质中内源性的RNA结合蛋白;
b)防止非特异性的RNA的结合;
c)免疫沉淀把RNA结合蛋白及其结合的RNA一起分离出来;
d)结合的RNA序列通过定量RT-PCR或高通量测序(RIP-Seq)方法来鉴定。


RIP实验优势

a)取材可以选择该目的蛋白所在物种、特定模型细胞,因此RIP能够反应RNA-蛋白在天然细胞状态下存在的互作关系;
b)找出RBP直接/间接互作的RNA,研究复合体组成;
c)RIP-q-PCR验证RNA pull down-MS筛选的蛋白,避免假阳性。


RIP实验注意事项

a)抗体:RIP实验需要IP级别抗体(也可以是标签抗体)
b)样品:
由于RIP裂解液较为特殊,且处理条件较为温和。故对于样品物种及样品类型有一定要求。
动物类细胞样品均适用;组织样品则需要评估(组织样品中杂质较多、处理时间较长等因素会影响RIP实验结果),
植物、细菌、真菌等含有细胞壁或类似物的物种及其样品无法做RIP实验,
植物原生质体等与动物组织类似,可以尝试来做RIP,但是结果也会存在一定风险。


RIP服务流程

RIP

RIP案例分析

1、使用目的蛋白寻找验证RNA(蛋白/RNA互作)

RIP
AP-1蛋白与RNA的相互作用RIP


2、使用目的lncRNA寻找验证miRNA(RNA/RNA互作)

RIP
MS2- RIP实验原理图
(引自A Long Noncoding RNA Activated by TGF-b Promotes the Invasion-Metastasis Cascade in Hepatocellular Carcinoma)