ChIP-qPCR
- 转录因子结合位点鉴定
- 基因调控机制研究
- 疾病相关研究
- DNA与蛋白互作
服务特色
通过ChIP-qPCR技术，可以探索转录因子与基因调控元件的相互作用、研究染色质的结构和功能，以及了解基因表达的调控机制。
服务介绍
染色体免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是用来研究蛋白质与DNA是否在体内存在相互作用，这项技术帮助研究者判断在细胞核中基因组的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰。利用抗体抗原特异性结合，将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来，能够真实地反映结合在DNA序列上的调控蛋白。
服务优势
- 高灵敏度和特异性：能够准确测量特定基因或区域的结合情况，具有较高的灵敏度和特异性。
- 适用于小样本量：可以在少量样本的情况下进行分析，适用于资源有限或样本稀缺的研究。
- 直接定量分析结合位点的丰度：可以直接测量结合位点的丰度，提供定量分析的能力，可用于比较不同样本之间的差异。
- 特定基因或区域的分析：可以针对特定基因或区域进行分析，有助于深入研究感兴趣的结合事件。
- 可与其他实验技术结合使用：如免疫共沉淀、Western blot等，以获得更全面的信息和验证结果。
服务流程
客户提供
ChIP检测专用抗体。
送样要求：
离体后迅速超低温处理并-80℃冻存的组织样品，干冰运输。
细胞：尽量提供细胞由我方培养，冰冻＞2x10^7个细胞；
组织：动物不少于1g，植物不少于4g。
最终交付
- 完整的实验报告、有代表性的图片、测序结果等原始数据。
服务说明
| 服务名称 | 服务内容 | 交付内容及标准 | 服务周期(工作日) |
| ChIP-qPCR | ChIP前蛋白提取+WB | 1个泳道 | 20 |
| ChIP富集 | 富集2次：IgG、IP各1次 | ||
| qPCR实验 | IgG，IP，input各1次 |
案例展示
常见问题与解析 (Q&A)
染色质免疫共沉淀（ChIP）所获得的DNA产物，在ChIP-Seq中通过高通量测序的方法，在全基因组范围内寻找目的蛋白（转录因子、修饰组蛋白）的DNA结合位点片段信息；ChIP-qPCR需要预设待测的目的序列，针对目的序列设计引物，以验证该序列是否同实验蛋白结合互作。
相关资源
1、ChIP技术的实验步骤
● 交联：将细胞或组织交联，以固定蛋白质与DNA的相互作用。通常使用甲醛进行细胞或组织的交联。
● 细胞核提取：将交联后的细胞或组织进行细胞核提取，以获得染色质蛋白质复合物。
● DNA剪切：使用限制性酶、酶切酶或超声波等方法将染色质剪切成适当的片段。这样可以将特定蛋白质结合的DNA片段保留下来。
● 免疫沉淀：将剪切后的染色质蛋白质复合物与特定抗体进行免疫反应，使蛋白质与抗体结合。这样可以选择性地富集与特定蛋白质结合的DNA片段。
● 洗涤：将免疫沉淀复合物进行多次洗涤，以去除非特异性结合的DNA和其他杂质。
● 解交联：去除细胞或组织中的交联，使DNA片段恢复到原始的非交联状态。
● DNA纯化：从免疫沉淀复合物中纯化富集的DNA片段。这可以通过酚/氯仿提取、柱层析或商业DNA纯化试剂盒等方法完成。
● DNA分析：对纯化的DNA片段进行进一步的分析，如定量PCR、实时荧光PCR、测序或芯片芯片分析等。
2、ChIP-qPCR技术的应用
● 确定特定转录因子与基因启动子的结合：ChIP-qPCR可以用于验证特定转录因子与目标基因启动子的结合，从而确定转录因子对该基因的调控作用。
● 研究表观遗传修饰和染色质状态：ChIP-qPCR可以用于分析特定表观遗传修饰标记（如组蛋白修饰）与染色质区域的结合情况，揭示染色质状态和基因表达调控之间的关系。
● 验证转录因子结合位点的功能：通过ChIP-qPCR分析不同转录因子结合位点的富集程度，可以确定这些结合位点在基因调控中的功能重要性。
● 研究疾病相关基因的调控：ChIP-qPCR可以用于研究疾病相关基因的调控机制，例如确定转录因子与致病突变基因的结合情况，了解其对基因表达的影响。
3、ChIP-qPCR技术、ChIP-seq和ChIP-chip技术的对比区别
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技术 |
ChIP-seq |
ChIP-chip |
ChIP-qPCR |
| 概念 |
通过测序分析确定蛋白质与染色质上特定 DNA序列的结合情况。 |
利用芯片技术检测蛋白质与染色质上特定 DNA序列的结合情况。 |
利用定量PCR分析蛋白质与染色质上特定 DNA序列的结合情况。 |
| 优势 | - 高通量分析 |
- 适用于小样本量 |
- 高灵敏度和特异性 |
| - 可全基因组范围的研究 |
- 成本相对较低 |
- 适用于小样本量 | |
| - 高灵敏度和特异性 |
- 结合位点鉴定和分析 |
- 特定基因或区域的分析 | |
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- 不依赖先验知识 |
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- 结合位点鉴定和分析 |
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| 劣势 |
- 数据分析复杂 |
- 有限的基因覆盖范围 | - 无法进行全基因组范围的研究 |
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- 需要大量测序深度 |
- 需要先知道结合位点的区域 | - 仅限于已知的目标基因或区域分析 | |
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- 依赖参考基因组的质量 |
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| 应用领域 |
- 转录因子结合位点鉴定 |
- 转录因子结合位点鉴定 | - 转录因子结合位点鉴定 |
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- 基因调控机制研究 |
- 表观遗传学研究 | - 基因调控机制研究 | |
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- 表观遗传学研究 |
- 疾病相关研究 | - 疾病相关研究 | |
| 举例 |
- 确定转录因子X结合位点在肿瘤细胞中的分布情况 |
- 分析组蛋白修饰酶在不同发育阶段的结合位点 | - 研究转录因子Y在疾病模型中的结合位点变化 |
